参照
jQueryでチェックボックスのチェック状態を調べる方法 - 大人になったら肺呼吸

その1 checked属性の値で判断

if($("#check1:checked").val()) {
  alert("チェックされています。");
}

その2 propメソッドを使う(1.6からサポート)

if($("#check1").prop(checked)) {
  alert("チェックされています。");
}

ちなみに↓を見るに、1.6から「$("#check1").attr("checked")」のような取り方は動作が変わっている模様 .prop() | jQuery 1.9 日本語リファレンス | js STUDIO

その3 isメソッドを使う

if($(#check1).is(:checked)) {
  alert("チェックされています。");
}